Værøy kommune er en øykommune i Lofoten i Nordland. Den er den nest ytterste av Lofotkommunene og den nest minste av Nordlandskommunene. Hoveddelen av kommunen utgjøres av Værøya og Mosken. Utenom disse er det en del mindre øyer og holmer. Administrasjonssenteret er Sørland, også kjent som Sørværøy.
Fiske, fiskeforedling og annen virksomhet relatert til dette er viktigste næringsveier i kommunen. Det er noe jordbruk, prega av små enheter som har vært drevet i kombinasjon med fiske.
